Подчинение службы внутреннего контроля непосредственно собственнику предоставляет определенную независимость от исполнительных органов предприятия, однако, в зависимости от организационно-правовой формы, может негативно влиять на оперативность деятельности службы.

Если предприятие зарегистрировано в форме ООО, то, как правило, его собственник непосредственно участвует в органах управления, что позволяет оперативно планировать, осуществлять текущую деятельность СВК и принимать управленческие решения по ее результатам. Следовательно, непосредственное подчинение СВК собственнику в данном случае оправдано. Исключение составляет ситуация, когда основными собственниками являются другие юридические лица, между которыми потенциально возможен конфликт интересов.

Сложнее обстоит дело в акционерных обществах, где собственники (акционеры) отделены от исполнительных органов предприятия и могут лишь периодически участвовать в принятии стратегических решений на общем собрании акционеров и совете директоров, порядок и периодичность проведения которых регламентируется законодательством и учредительными документами. В данном случае СВК может подчиняться совету директоров в качестве представителя собственников, проведение которого также требует соблюдения определенных процедур, растянутых во времени.  Очевидно, что это отрицательно повлияет на оперативность организации текущей деятельности СВК и принятие решений по ее результатам. Следовательно, непосредственное подчинение СВК собственнику в данном случае не является оптимальным. Наиболее оправданным здесь мне представляется подчинение службы генеральному директору, который избирается советом директоров и утверждается общим собранием акционеров.